猪蓝耳病病毒（PRRSV）感染后，首先在局部的易感巨噬细胞中复制，然后迅速向全身淋巴组织和肺扩散，有时也向其他组织扩散。一般说来，临床疾病的发生以及病损程度与病毒最高滴度出现的时间和出现的组织有关，如在染毒后的7天~14天，肺脏和淋巴结中的病毒滴度最高。这是因为PRRSV主要在单核细胞分化较好的子细胞中复制，这些分化较好的子细胞具有220kDa的糖蛋白受体，PRRSV与该受体结合，然后经过受体介导的内吞作用进入细胞内。因此，PRRS急性感染时这些肺脏和淋巴组织中PRRSV的滴度最高，组织损伤最为严重。
PRRSV的复制需要PAM或者其他巨噬细胞的成熟或活化。PRRSV在分化的PAM子细胞中复制。与在日龄较大的猪体内复制相比，PRRSV在小猪PAM和PIM中复制后的滴度要高一些。因此，子猪感染PRRSV后的病变较成年猪更为严重。
PRRSV感染多种组织的巨噬细胞后，造成组织出现显微病变，其炎症的类型和严重程度，取决于毒株、猪的年龄、继发其他细菌或病毒的感染情况。PRRSV造成的组织病变包括间质性肺炎、脑炎、心肌炎、淋巴结病变和动脉炎，全身疾病的严重程度，决定了PRRSV感染的临床表现。PRRSV毒株的毒力越强，猪的日龄越小，存在其他病原混合感染时，临床出现的蓝耳病病症就越严重。
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